Prieš pakartotinį merų rinkimų turą Alytaus rajone pakvipo skandalu. Jis įsižiebė paaiškėjus balsų skaičiavimo Eičiūnų apylinkėje ypatumams pirmojo rinkimų  turo naktį.  Alytaus rajono savivaldybės komisija vienbalsiai nusprendė dėl to kreiptis į prokuratūrą, pradėjo klibėti komisijos pirmininkės Nijolės Vagnorienės kėdė.

Alytaus rajono konservatoriai kreipėsi į Vyriausiąją rinkimų komisiją (VRK), prašydami spręsti klausimą dėl komisijos pirmininkės N. Vagnorienės atleidimo iš pareigų, jai pažeidus rašytinį komisijos nario pasižadėjimą.

Ne tik VRK, bet ir generalinei prokuratūrai adresuotuose Tėvynės sąjungos-Lietuvos krikščionių demokratų Alytaus rajono skyriaus skunduose teigiama, kad įtarimų dėl galimai neteisingo balsų skaičiavimo kilo dėl to, kad  pagal rinkėjų skaičių nedidelėje Eičiūnų rinkimų komisijoje balsai buvo skaičiuojami nepaaiškinamai ilgai – rinkimų rezultatai pateikti tik kovo 2-osios 9 val. ryto.

Nors balsai buvo suskaičiuoti apie 3 val. nakties, komisijos pirmininkė Gražina Žiužnienė visus komisijos narius, išskyrus sekretorę, išleido į namus, pasakydama, kad netrukus rinkimų rezultatai bus vežami apygardos komisijai. Tačiau jie ten atsidūrė tik po kelių valandų.

Alytaus rajono apygardos rinkimų komisija gavo du Darbo partijos atstovų, suabejojusių balsų skaičiavimo teisingumu, skundus dėl pirmumo balsų perskaičiavimo. Perskaičiuojant paaiškėjo, kad Eičiūnų apylinkėje 55 pirmumo balsais skirta daugiau, juos paskirstant konkretiems šios partijos kandidatams, dėl  ko, skundų autorių teigimu, neteisingai buvo sudaryta pirmumo balsus gavusių kandidatų eilė.

Apygardos komisijos narius nustebino ir tai, kad pirmumo balsus Eičiūnų komisijos pirmininkei padėjo skaičiuoti Butrimonių apylinkės komisijos pirmininkė. Abi jos, kaip ir Alytaus rajono apygardos komisijos pirmininkė, yra deleguotos Darbo partijos.       

N. Vagnorienė patvirtino, kad apygardos rinkimų komisija yra nusprendusi kreiptis į prokuratūrą dėl galimai neteisingo balsų skaičiavimo, tačiau raštas šiai institucijai  dar tik ruošiamas.